5 57 ELAQAIRRFGEMYERVEFAKQKQALEMERQRIDFLRDLEIQRMQFFVDVQIELSKVK

6 57 WEEVFRKLAEMGYKRSAKKCKEKFENVDKYYKRTKEGRAGRNDGKTYRFFTQLEALH

7 71 IEKQRLQIEVQAYHLEKQRLKWERFRKNKDRELEKMRLENEKMRLENKRLELELRHKELELEIKQKGSFNH

8 15 YNRMKLKKPQWEEIS

9 27 SFWTMRNDARRERNLPGFFDREVYDIL

10 6 GGGGGG

11 12 QHHHHHHHHHPK

12 20 ILGRGTACKVVENHALLDCM

13 19 DSDDMCDDDEDDYEDDEEN

14 27 NNNRICLPEDPALQKSLQLALRCKEEH

15 6 PPPPPN

16 34 IQGQLIEILDRSSRMVAAQLEAQNINWQLDREQR

17 38 NSKQMHPPNPGNQGFDQPQIPGNFTIHMDQVTDPDNIS

18 20 LDINKPFPDGCDLALVQKDL

19 17 HCQPPPQQPQYQYNENN

20 52 FMVQQIEMDIQWHEMMERREQERIVFEQEWRQAMQKLEQERLMLVHTWMERE

21 25 MHKRMWHMVDQEDVGFVNSCSNDGC

22 8 NKKRPEDS

23 7 QYKIQFQ

24 6 FLAMVQ

25 36 LYKLHYLRLYSCPVNCPPVHIEYMVNKILKCMVDKF

图 4  水稻Trihelix转录因子家族的保守基序分析

Fig。4 Analysis of the conserved motifs of rice Trihelix transcription factors

3。1。4 水稻Trihelix转录因子家族所在染色体区段复制分析

    分析染色体区段复制关系是为了找寻相应染色体中存在线性复制关系的基因，即为了探究基因之间的同源性。经复制分析发现，Trihelix转录因子在水稻每一条染色体上均有存在，并且2号和4号染色体上分别存在了7个Trihelix基因，9、11和12号这3条染色体上分布各1个基因（图5）。我们还发现，如在2号染色体的20 Mb、3号染色体的10 Mb、4号染色体的27 Mb区段位置均存在2个或2个以上基因聚集。总的来说，存在复制关系的水稻Trihelix基因都存在于相同的亚家族，而且在进化树中的分布都比较接近，这同样显示出他们存在较高的同源性（表3）。

表格 3  水稻Trihelix转录因子家族在染色体上的复制分析

Table 3 The chromosome duplication analysis of rice Trihelix transcription factors members

基因1 基因2

(发生复制的位置) 发生复制区域染色体的基因数目 Ka Ks Ka/Ks

Trihelix2 Trihelix24 大量（432）