为了方便传教，除了原本基督教核心教义上帝存在，灵魂不朽之外，他对儒学也有一定的妥协，并主要有三个观点：容古儒、斥新儒、“易”佛道。他反对道教、佛教以及在他看来已被佛教污染的宋明理学，自觉的区分古儒和近儒，与古儒附会，全面批判近儒。利玛窦求诸于回归原初的儒学，并认为原儒才是基于自然法之上的哲学，在他眼中，里面含有天主的思想。[11] 而对于当时占据社会主流的儒家文化，利玛窦则是通过“合儒”、“补儒”以及对“佛教”批判的方式去证明基督教是真正的值得中国人尊奉的宗教。利玛窦也一直在寻找儒耶之间的共同点，尽力去“合儒”。一方面他主要通过文献考据的方法用以肯定原儒的宗教性，并证明“吾天主,即华言上帝”，以此来说明中国古代存在上帝，儒耶也是一家，如《汤誓》中所说:“夏氏有罪,予畏上帝,不敢不正。”另外，孔子在《中庸》中也有所描述:“郊社之礼以事上帝也”。但是作为自然宗教中崇拜的“上帝”和已经成熟的基督教一神论中的“上帝”二者之间是有着原则性的差别。[12] 另一方面，他将基督教爱的伦理套用到儒家的“仁”的伦理上用以强调儒耶在伦理方面的一致性。儒学的理论基石是孔子所提倡的“仁”,即孔子所解释的“爱人”,而事实上基督教的所有理论也是从“爱人如己”的思想出发的。对于补儒，利玛窦主要是从两个方面着手：一是利用基督教的伦理道德与道德行为去补新儒学所带来的刻板的道德准则造成的败坏的社会风气来破除偶像迷信；二是因为儒学的社会实用功能受到重视，因此借助科学传教来推动儒学“经世致用”思想的发展。[13]除此之外，利玛窦反对佛教，批评佛道“空”“无”为核心的宗教教义和偶像崇拜特征，当然他反佛也有对于同为竞争者排斥的因素。其所著《天主实义》中除了阐述一些基本的天主教原理外，其中也有相当篇幅是利氏站在神学的立场去批判宋明理学的，因为理学中“太极”论这一哲学命题,占据了天主教中“上帝”或“天主”的位置,与基督教的上帝观发生了冲突。[14]文献综述

利玛窦在中国的传教较之前传教士取得了明显的成效。他在华活动之地,主要是广东肇庆、韶州、江西南昌、南都南京及京城北京。万历十一年(1583年),利氏与罗明坚等通过向地方官员赠送厚礼的方法在肇庆建立了第一个教堂——花塔教堂。他最早的两部中文著作《友道》、《西国记法》和《天主实义》都是在南昌写成，而在南昌的活动也是他在华活动高潮的起点，期间广交名士，如江西巡抚陆万垓、南昌知府王佐、明皇宗室建安王、文学家李日华、理学家章演等，[15]而《天主实义》也是利玛窦宣扬天主教神哲学及将儒家学说基督化的代表作。李之藻认为“利先生学术,一本事天,谭天下所以为天甚斩，睹世之亵天佞佛也者,而昌言排之。。。。。。诚谓共戴皇皇,而钦崇要义,不脱六经之旨。”[16] 利玛窦在华28年，最后的10年是在北京度过的，期间继续与明朝的政府官员广泛交游，因此潜移默化的对他们的观念产生影响，如沈一贯在听了利玛窦对基督教婚姻的讲解后说:“在一个婚姻是如此圣洁国度里,别的事情看来就不用再去问了，仅此就能够足以去说明其他一切都是规范得多么得当。”[17] 1609年,利氏于北京创立了“天主圣母会”,这也是中国天主教会的第一个善会[18]，1610年,利玛窦亲自督理建造一座比较可观的教堂,即宣武门南堂，这也是天主教在北京建立的第一座教堂，因受利玛窦的影响,北京“入教之人有数人为名公巨卿,翰苑中人亦有入教者”[19] 。应该说，利玛窦为天主教在华传教事业以及明清之际的中西文化交流做了重要贡献。