虽然利玛窦通过儒化生活方式、科技传教、儒化基督教义以及反对竞争者之佛教的方式取得了诸如获得儒士好感，便于打入中国社会主流，减少传播基督教的阻力、附会儒家经典以减少新学说与传统认知的距离使其有亲切感、东学西渐、以科技吸引有经世致用抱负的士大夫关心基督教等成效，但是也不可避免的带来些副作用。他立下利玛窦规矩，改穿儒服，令其生活方式儒化，本意是为基督教在中国立足铺下道路，但是在这样实施的过程中却侧面令士大夫更加自负，认为除了儒学外别无他学，这也加大了基督教文化在儒学社会中被接受的难度，其中主要的表现便是，士人与利玛窦交游原因多不是因为他所传授的天主教，因此虽然受其影响者多，入教者却很少。其次，便是借科技传教，确实起到了引起士大夫关注的目的，但是更多人则将科技宗教加以区分，耶稣会士想用科学来加强宗教的权威,中国人就愈要抵制这个宗教,而只想保留科学知识。多数儒人的佛教思想根深蒂固于他们的心中，因此反对佛教则伤害了佛教徒以及吸收佛教思想士大夫的感情，对于继续宣传基督教形成了不小的阻力，不利于此后的佛、耶论战令其占据有利地位，而1616年的南京教案则大大打击了基督教于中国的传播事业。