II 型 CRISPR/Cas9 系统中 pre-crRNA 的生成过程与其他类型的系统不同，首先， CRISPR 基因座转录生成 tracrRNA（trans activating crRNA），该 tracrRNA 包含与 pre- crRNA 中重复序列互补的 25 个核苷酸长度的序列，tracrRNA 与 pre-crRNA 互补结合， 它们形成的复合体在 RNaseⅢ协同 cas9 等酶的作用下被进一步加工为成熟的 crRNA。

③ 干扰阶段

在干扰阶段，CRISPR 对靶位点进行剪切。crRNA 与对应的 Cas 蛋白形成相应的 核糖核蛋白复合体（ Ⅰ型系统形成 crRNA/Cas3/Cascade 复合物； II 型系统生成 crRNA/tracrRNA/Cas9 复合物；Ⅲ型系统生成 crRNA/Csm 或 crRNA/Cmr 复合物）。 当 外源噬菌体或质粒再次入侵宿主细胞时，crRNA 中的 spacer 就会跟它同源的外源 DNA 特异性结合,之后外源序列在形成的相应核糖核蛋白复合物的作用下被切割成碎片，从 而令之丧失功能，最终实现保护宿主基因组的功能。根据 Charpentier 等人的研究，位 于 5’端的 6 个连续碱基的错配并不会对 CRISPR 系统的切割作用产生影响，但是在 3’ 端靠近 PAM 序列的碱基座需要有 13 个以上的碱基与 crRNA 完美配对［2